Un premier ensemble réunit des dossiers renseignant sur la création (les actes fondateurs), l'organisation et l'administration de la FMTS et rassemble les correspondances du professeur JOLIOT-CURIE avec une lettre de Léo Szilard, grand physicien et pacifiste hongrois, adressée à Lord Russel...
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Un premier ensemble réunit des dossiers renseignant sur la création (les actes fondateurs), l'organisation et l'administration de la FMTS et rassemble les correspondances du professeur JOLIOT-CURIE avec une lettre de Léo Szilard, grand physicien et pacifiste hongrois, adressée à Lord Russel intitulée " Comment vivre avec la bombe ", celles de John Desmond BERNAL, d'Éric H. S. BURHOP, de Jean-Marie LEGAY et Con RUSSEL, présidents successifs de la FMTS.
Le répertoire de ces archives s'organise également autour des instances dirigeantes de la Fédération :
- l'Assemblée générale est l'instance suprême de la Fédération, elle se réunit tous les 3 ans.
- le Conseil exécutif est composé des membres élus du Bureau et des représentants des organisations affiliées. Il se réunit une fois par an et dirige la FMTS entre deux assemblées.
- le Bureau est composé du Président de la FMTS, des Vices - Présidents, du trésorier, du secrétaire général et du secrétaire général adjoint, des directeurs des centres régionaux et des présidents des commissions de travail.
- Sept commissions de travail s'occupent des domaines suivants : le désarmement ; la politique scientifique ; la socio-politique ; les jeunes scientifiques ; les femmes ; la politique éditoriale ; les finances.
Un deuxième ensemble d'archives regroupe les documents concernant l'influence internationale de la FMTS notamment les demandes d'affiliation par pays, et renseigne sur les actions menées et les rencontres internationales organisées par l'organisation (symposiums, colloques).
Un troisième ensemble de documents traite des relations de la FMTS avec des organisations internationales telles que l'ONU, l'UNESCO, la FSM, des fédérations syndicales internationales (FSM) ou encore des mouvements pacifistes (Appel des cent, Mouvement de la Paix).
Un dernier ensemble concerne les publications de la FMTS, notamment la revue Le monde scientifique dont la collection couvre la période 1957 à 1989.
Dans le deuxième dépôt (coté 563J), des dossiers constituent un complément de moindre importance matérielle sur les activités de la Fédération.